①スポーツジムなどと連携して総合的に肝臓病指導をしている実例 があればご教示ください。

これは私の思いつきでまだ実施していません。他の施設でやっているところがあるかどうかも知りません。

②運動療法のQOL評価をする際、どのような評価法が最も相応しいのでしょうか。やはりSF-36なのでしょうか。その理由などあればご教示ください。

運動療法を施行してＱＯＬを見る目的によると思います。
ＱＯＬに及ぼす運動療法の影響をみるのであれば、ＳＦー３６は世界的なスタンダードになりつつあるので、それでよいと思います。
運動療法の良い影響を優先してみるためなら、もっと違った質問の立て方があるかもしれません。

③スポーツ外来のある施設と一般の施設に関して、どの範囲で（どの程度の、ど
んな運動で？）最大運動強度の50〜60%を体験してもらえばよろしいのでしょうか。

一回に３０分程度でウオーミングアップとクーリングを入れて行うとよいと思います。
歩行を中心に考えていますが、水泳とかエアロバイクでもよいと思います。

日常の生活の中で継続できることが何よりも大切ですから、どうしても歩行になりますし、
歩行ができれば生活の活動範囲は広がります。